Имение, в котором располагалось село Зюзино, принадлежало князьям Прозоровским. Строительство ныне существующего храма с нижней, тёплой церковью во имя благоверного князя Владимира и летней во имя благоверных князей Бориса и Глеба велось в 1698—1704 годах. Предыдущий деревянный храм был построен и освящён в 1688 году.
В 1989 году храм перешёл православной общине Севастопольского района, был освящён и начал действовать.
С 2005 года при храме действует воскресная школа для детей и взрослых.