Храм построен в 1690 году на месте сгоревшего деревянного храма, который стоял здесь еще в 1370 году. В XIV веке село Черкизово принадлежало выходцу из Орды царевичу Серкизу, который продал его своему единоплеменнику Илье Азакову. Последний, по всей вероятности, в честь своего святого и поставил здесь древнейшую Ильинскую церковь.